Resources:
多重抗原スクリーニング
1回の実験で数百～数千のT細胞およびB細胞を対象に、最大15の抗原の結合特異性をスクリーニング
迅速な発見
最適化されたワークフローによって、サンプルから数百の高品質な抗原特異的ヒットまでを1週間以内で実現
柔軟なサンプルの種類
PBMC、脾細胞、リンパ節吸引物、B細胞またはT細胞の濃縮サンプルなど、さまざまなサンプルの種類に対応
実用的な解釈
機能的な免疫受容体配列とその推定抗原を抗原特異性に基づいてマッチ
単一の統合されたワークフロー
試薬およびサンプル調製ガイドを含むエンドツーエンドのキット化されたソリューションで、すぐに実験を始められます。
一貫したデータ解析
抗原―クロノタイプの関係を探索し、レパトアの多様性、クローン増殖などを視覚化します。
B細胞とT細胞の探索を最短で
- サンプルから高品質抗体のヒットまでを1週間以内で完了
- 最大15の抗原に関するスクリーニングを並行して実行し、サンプルあたり数十～数百件のヒットを生成
- 下流検証に理想的な抗体候補を簡単に同定
- カスタムでロード可能なMHCモノマーのキットを活用し、ペプチド-MHC複合体を数分で調製
- ペプチドの設計と調達には多くのベンダーを柔軟に利用可能
- シングルセル分解能における遺伝子発現を利用して、希少な、あるいは治療上重要なTCRクロノタイプを検出
BEAMのリソース
実績のある結果
BEAM チラシ
BEAM チラシ
Fast track antigen-specific B- and T-cell discovery
Fast track antigen-specific B- and T-cell discovery
BEAM 製品シート
BEAM 製品シート
Multiplexed antigen screening for rapid B- and T-cell clonotype discovery
Multiplexed antigen screening for rapid B- and T-cell clonotype discovery
BEAM ポスター
BEAM ポスター
arcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) enables next-generation systems immunology analysis of the post-COVID-19 immune landscape
arcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) enables next-generation systems immunology analysis of the post-COVID-19 immune landscape
実績のある結果
リソース
BEAM チラシ
BEAM チラシ
Fast track antigen-specific B- and T-cell discovery
Fast track antigen-specific B- and T-cell discovery
BEAM 製品シート
BEAM 製品シート
Multiplexed antigen screening for rapid B- and T-cell clonotype discovery
Multiplexed antigen screening for rapid B- and T-cell clonotype discovery
BEAM ポスター
BEAM ポスター
arcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) enables next-generation systems immunology analysis of the post-COVID-19 immune landscape
arcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) enables next-generation systems immunology analysis of the post-COVID-19 immune landscape
Resources
BEAM Flyer - Fast track antigen-specific B- and T-cell discovery
BEAM Product Sheet - Multiplexed antigen screening for rapid B- and T-cell clonotype discovery
BEAM Poster (When Available) - Barcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) enables next-generation systems immunology analysis of the post-COVID-19 immune landscape
エンドツーエンドソリューション
Chromiumシングルセル5'バーコード対応抗原マッピング（BEAM）試薬
10xの試薬キットを用いて、抗原-受容体特異性、完全長ペアBCRおよびTCR配列、5' mRNA、細胞表面タンパク質などをシングルセル分解能で解析し、機能的な適応免疫レパトアを探索します。
解析と視覚化ソフトウェア
データ処理プラットフォーム
解析パイプライン
専門サポートチームが電話またはeメール（support@10xgenomics.com）で対応いたします。
グローバルな技術・カスタマーサポート
専門サポートチームが電話またはeメールで対応いたします。
ワークフロー
- 1
サンプルの準備
サンプル調製ユーザーガイドで推奨されている方法で、バーコード付加抗原アセンブリで細胞をラベリングします。抗原特異的な細胞集団はフローソートによって濃縮可能です。適合する細胞懸濁液としては、PBMC、B細胞、T細胞、マウス脾細胞などに由来するサンプルが挙げられます。
リソース- Enrichment of CD3+ T Cells from Dissociated Tissues for Single Cell RNA Sequencing and Immune Repertoire Profiling
BEAM Experimental Planning Guide (coming soon)
BEAMプロトコールプランナー（近日公開）
BEAMサンプル調製ユーザーガイド：BEAMのアセンブリ、サンプルラベリング、フローソーティング（近日公開）
- 2
10xライブラリーの構築
試薬キットおよび対応するChromium装置を使用して、10xバーコードが付加されたライブラリーを構築します。Chromiumシリーズの各装置は、10xバーコードが付加されたゲルビーズを個別のパーティションとしてカプセル化します。ナノスケールの各パーティション内で、細胞は逆転写によってcDNAを生じます。このcDNAは、起源となった細胞に由来するすべてのcDNAと同一の10xバーコードを共有しています。
リソースBEAMユーザーガイド：バーコード対応抗原マッピング用のFeature Barcodeテクノロジーを用いたChromium Next GEMシングルセル5'試薬キット（近日公開）
- 3
シーケンス
得られた10xバーコードライブラリーはIlluminaシーケンサーによる通常のNGSショートリードシーケンスに対応しており、数千の個別の細胞について免疫および転写のプロファイリングが行われます。
リソース - 4
データの解析
Cell Rangerで、生のシーケンスデータを生物学的に意味のある知見へと変換します。Cell Rangerは、遺伝子発現、ペア免疫受容体レパトア配列、細胞表面タンパク質、抗原特異性などのデータを処理します。
解析パイプラインのアウトプット
アウトプットにはQCの情報およびファイルがあり、Loupe Browser視覚化ソフトウェアやサードパーティのRツールまたはPythonツールでのさらなる解析に容易に使用できます。
リソース - 5
データの視覚化
Loupe V(D)J Browserソフトウェアを使用して、さまざまなマーカー種別に基づき細胞種の定義と比較を行います。
使いこなすにはバイオインフォマティクスの専門家である必要がありますか？
Loupe V(D)J Browserはポイントアンドクリックで操作できるソフトウェアであり、どなたでも簡単にダウンロードしてお使いいただけます。
リソース
よくある質問
はい。BEAMはChromiumシングルセル免疫プロファイリングのワークフローにシームレスに統合されており、V(D)J配列、遺伝子発現、細胞表面タンパク質発現とともに、推定抗原に対するBCR/TCRのスクリーニングもシングルセル分解能で行うことができます。したがって、このアッセイでは、抗原特異的クロノタイプから完全長のペア免疫受容体配列を引き出すことができます。
BEAMワークフローでは1サンプルにつき最大15の抗原を多重的にスクリーニング可能です。ユーザーが準備する抗原は、ビオチン化してから10x Genomicsのバーコード付きBEAMコンジュゲートと組み合わせる必要があります。このようにして、個別にバーコード付加されたBEAM試薬アセンブリを使用して、B細胞およびT細胞をラベリングします。
ほとんどのマルチマーアッセイは蛍光をベースとしています。すなわち、マルチマー分子を蛍光マーカーで標識し、それを用いて抗原特異的な細胞をソートします。このタイプの実験では、細胞集団に含まれる抗原特異的な細胞の数に関する情報を得ることができます。BEAMでは、この情報の他にも、抗原特異的受容体の完全長ペアV(D)J配列や、全トランスクリプトームの遺伝子発現に関するデータをシングルセルのレベルで取得できます。このデータを総合することで、抗原特異的クロノタイプの完全な細胞プロファイルと、免疫応答に関するより深い知見が得られます。
抗原特異的な細胞集団はまれであるため、10x Genomicsライブラリーを調製する前に抗原陽性細胞をソートしておくことをお勧めします。しかし、ソートするかどうかは、最終的には実験の目標によって決まります。
BEAMでは、以下のヒトHLAアレルおよびマウスH2kアレルを、すぐに使えるロード可能なエンプティMHCクラス1モノマーキットとして販売しています。
Chromium Human MHC Class I A0201 Monomer Kit
Chromium Human MHC Class I A1101 Monomer Kit
Chromium Human MHC Class I A2402 Monomer Kit
Chromium Human MHC Class I B0702 Monomer Kit
Chromium Mouse MHC Class I H2Kb Monomer Kit
BEAMワークフローは、PBMC、脾細胞、リンパ節吸引物、B細胞またはT細胞の濃縮サンプルなど、多様なサンプルの種類に適合します。
