10x Genomics シングルセル遺伝子発現ワークフローと組み合わせて使用すると、懸濁液中の数百から数千のシングルセルからターゲット遺伝子の発現プロファイルが得られます。 Visium ワークフローと組み合わせて使用すると、インタクトな組織切片から組織学的および空間的な情報を保ったまま、標的遺伝子の発現プロファイルが得られます。

一般的にターゲットを絞ったアプローチでは、遺伝子発現研究の効率を大幅に高め、コストを削減することができます。関連する遺伝子のサブセットのみにフォーカスしてシーケンスを行うため、同じシーケンス深度を維持しながら、シーケンスコストを最大90%削減することができます。

シングルセルを対象とした標的遺伝子発現では、新鮮な凍結保存されたシングルセル懸濁液と互換性があります。固定パネルは現在、ヒト遺伝子をターゲットにしています。Visium ワークフローでは、このアッセイは mRNA を含む新鮮凍結組織と互換性があります。社内でのテストに成功した組織のリストは、こちらをご覧ください。

10x GenomicsのCustom Panel Designerツールを使い、設計済みのパネルに最大200個の遺伝子をカスタムで追加でき、シングルセル あるいは空間的解析に使用できます。シングルセル のターゲット遺伝子発現用途のフルカスタムパネルでは、10個から最大1,500個の遺伝子を設計できます。

Chromiumを使った実験では、Cell Rangerを使い、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを識別します。次に、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。 Cell RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無料でダウンロードできます。Visiumの実験の場合、Space Rangerで画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、類似した転写プロファイルを持つスポットのクラスターを識別します。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。