Chromium 单细胞基因表达Flex

单细胞RNA-seq金标准解决方案的蜕变

Chromium单细胞基因表达Flex以非常高的灵活性带来了超高灵敏度的全转录组分析,让以往无法实现的单细胞分析成为现实。经过优化的分析流程可简化您的研究,并将样本范围扩大到新鲜样本、PFA固定样本和FFPE样本,帮助您揭示关键的细胞见解。

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单细胞基因表达Flex

Resources:

  • 高灵敏度

    我们超高灵敏度的单细胞分析可回收更多细胞,并检测低表达基因。

  • 灵活选择规模

    您可以根据需求来设计实验,每次分析可以灵活运行1到128个样本,或多达100万个细胞。

  • 按需开展单细胞分析

    在采集点固定细胞状态,可改善批量分析,简化样本运输并按照你的日程表开展分析。

  • 扩展到FFPE样本

    新的反应原理将单细胞分析扩展到存档样本上,能够对FFPE组织进行可靠而灵敏的分析。

  • 最大化利用资源

    批量分析和混样分析能够最大限度地减少样本处理,提高效率,并将每个样本的成本最多降低75%。

  • 简化数据分析

    通过轻松的数据管理和快速的数据处理来探索和解释基因表达谱。

实现纵向研究和更大规模的患者队列研究

在不折损数据质量的情况下保存样本,能够使您在同一次运行中批量分析样本,并最大限度地减少可变性。

从手术室进行组织活检

通过在采集时固定细胞状态来简化样本制备和处理步骤。

简化单细胞实验的物流运输

采用可靠方案来保留生物学状态,在样本采集和运输过程中维持样本质量,以便在全球范围内开展研究。

对生物样本库中的组织进行灵敏分析

通过分析临床试验或其他转化研究中的FFPE样本,揭开肿瘤学和神经科学的更多见解。

完整的解决方案

Chromium X系列

可扩展的仪器,适用于10x现有的所有单细胞分析。

Chromium单细胞基因表达Flex试剂盒

我们的试剂盒能够对人或小鼠的PFA固定样本或FFPE样本进行单细胞的全转录组分析,并同时检测细胞表面蛋白,从而探索细胞多样性。

分析与可视化软件

数据处理平台

数据分析产品线

可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

滚动查看单细胞基因表达Flex的基本流程。您可以选择混样分析或使用Feature Barcode试剂盒进行细胞表面蛋白检测。

  1. 1Step 1

    采集样本

    从数万至数百万个细胞开始实验。对于新鲜样本,请按照样本制备的最佳做法进行操作,以便获得高质量的单细胞悬液(或跳到第2步进行组织固定)。如有必要,使用Feature Barcode技术对细胞进行染色,以便在分析基因表达的同时分析细胞表面蛋白。

    对于FFPE样本,请按照我们的示范方案进行操作,以便获得如何解离FFPE组织用于此分析的指引,然后直接跳到第3步。

  2. 2Step 2

    样本固定和透化

    按照我们简单明了的方案用多聚甲醛(PFA)固定样本,同时锁定生物学状态并保留脆弱细胞。此时,样本可在-80℃进行安全运输或储存,直到您准备好处理这些样本为止。

    如果您处理的是FFPE样本,请跳过这一部分,直接开始第3步。

    资源
  3. 3Step 3

    构建10x文库

    将探针组与固定样本杂交,然后在Chromium iX或X仪器上进行连接和延伸反应,构建10x条形码文库。在每个纳升规模的分区反应体系内,细胞发生以RNA为模板的连接,因此每个由此生成的产物都共享一个来自其单个来源细胞的10x条形码。对于混样工作流程,将您的样本与探针组杂交,把这些样本混合在一起,再照常进行操作——Chromium芯片的单个通道最多可混合16个样本。在这种情况下,附加在每组探针上的另一个独特条形码可帮助您将每个单独的分子分配回它来源的样本。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    由此生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准NGS短读长测序兼容,能够一次对数十万个单细胞进行大规模的转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据分析和可视化

    我们的Cell Ranger分析软件可生成每个细胞的基因表达谱,识别表达谱相似的细胞簇,并汇总来自多个样本的数据。我们的Loupe Browser可视化软件可协助您交互式地探索结果。

    数据分析流程的输出内容

    输出内容包括QC信息和文件,这些文件可使用Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具轻松实现进一步分析。

    资源

常见问题

它能够使用基于探针的方法对单个细胞的转录组(人或小鼠)进行全面分析。Feature Barcode技术的加入还能同时分析细胞表面蛋白的表达,帮助您从多个维度探索复杂生物学。此产品还支持混样分析,可提高实验的通量和效率。

一项直接比较研究的结果表明,单细胞基因表达Flex分析的灵敏度是单细胞3’基因表达分析的两倍。

样本固定可以保留细胞状态,消除使单细胞分析具有挑战性的时间限制。有了固定方案,珍贵或脆弱样本能够实现从采集点到研究中心(如中心实验室或服务商)的运输,以便进行样本处理。

固定还可以实现批量分析,简化工作流程,并降低可变性,从而提高效率。固定还能中和传染源,并且在正确验证此步骤后,可能不再需要在生物安全三级实验室(BSL-3)中处理样本。

人和小鼠的样本都与此分析兼容。分析可从新鲜的单细胞悬液开始,按照我们的固定方案进行操作,也可从FFPE组织开始,按照我们的示范方案进行操作,以便获得解离FFPE组织用于单细胞基因表达Flex分析的指引。

Cell Ranger是一组分析流程,可自动生成每个细胞的表达谱,并识别具有相似表达谱的细胞簇。随后,我们的可视化软件Loupe Browser可用于交互式探索结果。这两个工具都能从我们的支持网站免费下载,您可在自己的计算机上分析10x Genomics数据集。

10x Genomics云端分析(目前仅对美国开放)支持您通过简单的web界面来处理单细胞基因表达Flex分析的数据,利用经过优化的可扩展架构来快速获得结果。用户可以通过这个云端界面设置和运行Cell Ranger流程。

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性能

  • Whole transcriptome gene expression
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究

拓展

  • 细胞表面蛋白
  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • 细胞表面蛋白
  • 抗原特异性
  • CRISPR筛选

仪器

  • Chromium X系列单细胞系统
Single Cell Gene Expression

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