检测染色质开放性
分析每个细胞全基因组范围内数千个独特的开放染色质片段。
单细胞分辨率
超越群体的平均数信息，获得单个细胞核的表观基因组图谱。
灵活且可扩展
每张芯片可分析数百个至数千个细胞核。
简化的数据分析
通过易用的软件探索和查看染色质开放性图谱。
为期一天的实验室流程
在一天之内完成从样品到可测序文库的过程。
兼容不同的样本
经验证适用于细胞系、原代细胞以及新鲜和冷冻组织样本。
探索您的应用
定义细胞类型和细胞状态
鉴定主要的调控因子
探索顺式调控元件，如启动子和增强子
描绘基因调控网络
经过验证的结果
文献
Developmental and evolutionary dynamics of cis-regulatory elements in mouse cerebellar cells
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Science. 2021, Sarropoulos I, et al.
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Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies
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Nature. 2021, Winick-Ng W, et al.
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Single-cell analyses reveal key immune cell subsets associated with response to PD-L1 blockade in triple-negative breast cancer
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Cancer Cell. 2021, Zhang Y, et al.
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资源
查找有关Chromium单细胞ATAC的最新应用指南及其他文档
Is single cell epigenomics right for me? ATAC-ing your research questions for deeper insights
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10x Genomics Blog
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Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq
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Application Note, 10x Genomics
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Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems
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Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
完整的解决方案
Chromium单细胞ATAC试剂
利用我们试剂盒内的转座酶检测开放染色质区域，并生成可立即测序的NGS文库。
世界级的技术支持和客户支持
您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。
工作流程
- 1
样本制备
从分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织的细胞核悬液开始。
CHROMIUM细胞核分离试剂盒
对于许多冻存的哺乳动物组织，Chromium细胞核分离试剂盒提供了一体化的试剂盒，用于简便而可靠的细胞核分离，专为10x Genomics单细胞ATAC分析而优化。
资源 - 2
文库构建
利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有10x条形码的单细胞ATAC-seq文库。首先对细胞核进行大规模转座，然后利用Chromium Controller将带有10x条形码的凝胶珠封装起来。在每个纳升级的液滴中，转座后的DNA片段带有10x条形码标记，而每个条形码序列代表一个独特的细胞。
资源 - 3
- 4
数据分析
我们的Cell Ranger ATAC分析软件会为每个细胞生成开放的染色质图谱，识别具有相似图谱和检出峰的细胞簇，并可以汇总来自多个样本的数据。
分析流程输出
输出内容包括质量控制信息和文件，这些都可以在我们的Loupe可视化软件或第三方的R工具或Python工具中轻松地进行进一步分析。
资源 - 5
数据可视化
利用我们的Loupe Browser可视化软件，您可以交互式地探索实验结果，研究目的基因的表达模式，确定细胞类型，并开展细胞簇和样本之间的比较分析。
只有生物信息专家才能使用吗？
Loupe是点选式软件，任何人都可以轻松下载和使用。
资源
常见问题
它能够以单细胞分辨率分析开放染色质景观。
可以，需要使用第三方工具。如果想了解更多信息，请观看我们的在线研讨会。
需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。Chromium细胞核分离试剂盒适用于从各种冻存组织中生成高质量的细胞核悬液，所需的优化非常少。
此分析已针对人类和小鼠样品进行优化，也可能适用于其他物种。
来自细胞系的大量细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明，单细胞ATAC-seq回收的峰占大量细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。
ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域，而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法，能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质，附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。
