一个细胞，两种读数
同时检测同一细胞中的mRNA和染色质可及性。
定义基因调控
发现新的基因调控相互作用。
单细胞分辨率
以单细胞的精确性检测稀有细胞群体。
灵活且可扩展
分析每个样本中数百个至数万个细胞。
简化的数据分析
通过轻松易用的软件同时探索基因表达和染色质可及性。
高效的实验室流程
从样本到可立即测序的文库只需两天。
发现隐藏的信息
以单细胞分辨率对转录组和表观基因组进行多组学分析，将改变您对生物学的理解。每个细胞的两种读数可增强您对细胞类型和状态的鉴定，并帮助您深入了解背后的基因调控机制。立即使用单细胞多组学ATAC + 基因表达，提升您的探索能力。
您可以实现哪些探索
更深入地鉴定细胞类型和状态
通过表观基因组和基因表达谱的综合分析来鉴定复杂的细胞群体，并捕获细胞异质性，从而发现隐藏的信息。基因表达标志物可帮助您更轻松地解释表观遗传图谱。
发现新的基因调控相互作用
将调控元件的发现与基因表达相结合，探索驱动细胞分化、发育和疾病的基因调控相互作用。
充分利用您的宝贵样本
从同一细胞中获得转录组和开放染色质信息，让您从有限样本中得到尽可能多的发现。
探索疾病的复杂性
了解疾病中的基因调控网络如何被破坏。询问表观遗传重塑和治疗耐药的机制。
经过验证的结果
资源
查找有关Chromium单细胞多组学ATAC + 基因表达的最新资源
Identification of a tumor–specific gene regulatory network in human B-cell lymphoma
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Data Spotlight, 10x Genomics
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Grant Application Resources for Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
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Grant Application Resources, 10x Genomics
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Massively parallel simultaneous profiling of the transcriptomic and epigenomic landscape at single cell resolution
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Poster, 10x Genomics
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完整的解决方案
数据分析和可视化软件
Cell Ranger ARC数据分析流程以及Loupe Browser数据可视化软件。
世界级的技术支持和客户支持
您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。
工作流程
- 1
样本制备
从细胞核悬液开始，细胞核可以分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织。
Chromium细胞核分离试剂盒
Chromium细胞核分离试剂盒为各种不同的冻存哺乳动物组织提供一体化的试剂盒，可实现简单而可靠的细胞核分离，并专为10x Genomics单细胞多组学分析而优化。
资源 - 2
文库构建
使用我们的试剂盒和Chromium Controller仪器构建带有10x 条形码的单细胞基因表达和ATAC配对文库。首先对细胞核进行大规模转座处理，然后通过Chromium Controller把单个细胞核封装在带有10x条形码的凝胶珠（Gel Bead）内。在每个纳升级液滴内，mRNA和转座的DNA片段均用10x条形码标记，而每个条形码序列代表同一个细胞。
资源 - 4
数据分析
Cell Ranger ARC分析软件可生成每个细胞的开放染色质和基因表达谱，鉴定图谱相似的细胞簇，并计算开放染色质峰与基因表达之间的联系。
分析结果输出
输出结果包括质控信息和文件，这些文件可轻松用于Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。
资源 - 5
数据可视化
利用Loupe Browser可视化软件，您可以交互式地探索实验结果，比较不同细胞类型和状态之间的染色质可及性和基因表达，并研究开放染色质峰和基因表达之间的联系。
只有生物信息学家才能使用Loupe吗？
Loupe是点选式软件，任何人都能轻松下载和使用。
资源
常见问题
它能够对单细胞的转录组（使用3’基因表达）和表观基因组（使用ATAC-seq）进行同时分析，以帮助您了解不同类型细胞之间的基因如何表达和调控。
在使用单细胞多组学ATAC + 基因表达测试的样本类型中，当起始样本为细胞核时，ATAC和基因表达的表现与相应的10x Genomics单独流程（Chromium单细胞ATAC或Chromium单细胞基因表达）相当。
目前，Feature Barcode技术与单细胞多组学ATAC + 基因表达不兼容。
需要细胞核悬液。从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中可以获得高质量的细胞核悬液。The Chromium Nuclei Isolation Kit can be used to generate high-quality nuclei suspensions from a wide range of frozen tissues with minimal optimization.
此分析已针对人类和小鼠样本进行优化。
是的，单细胞ATAC和单细胞基因表达数据的文件格式与单细胞多组学ATAC + 基因表达兼容，可利用Seurat等第三方工具进行整合。
